許多研究證實失眠和腸道不健康有關
一項研究指出，透過補充益生菌、益生元可望提升睡眠品質。改善腸道菌群，可能有助於提升睡眠品質，例如補充益生菌、增加益生元，甚至利用糞便微生物移植，都是目前受到關注的方法。
最近發表在國際知名醫學期刊《Brain Medicine》的一篇論文，綜合與睡眠障礙相關的「腸腦軸」證據，強調腸道是第2大腦，例如血清素是調節情緒的重要神經傳導物質，也是合成褪黑激素的前驅物，其有超過90%在腸道製造。
此外，褪黑激素被稱為「睡眠荷爾蒙」，其在腸道中的濃度可達血液中的400倍。故當腸道菌相失衡，除恐影響情緒，也可能從源頭減少製造「睡眠荷爾蒙」的原料，導致睡眠品質低下。研究也發現，不論是失眠或睡眠呼吸中止症患者，腸道菌相都和一般人不同，彷彿留下獨特的「微生物指紋」。這些差異讓研究者更確定，腸道狀態與睡眠問題息息相關。
另一項分析超過6千名慢性失眠患者的研究，發現這群人的膽汁酸代謝明顯改變，而膽汁酸不僅能消化脂肪，近年更被證實可調節發炎反應，可能是失眠與心血管風險增加之間的重要連結。由於這些發現，使得醫界對於改善睡眠的方向逐漸從大腦轉向腸道，有臨床試驗顯示，透過補充特定益生菌，例如植物乳桿菌PS128、短雙歧桿菌CCFM1025，均有助提升睡眠品質，並調節壓力荷爾蒙。
益生元是益生菌的食物，而有動物實驗顯示，補充益生元可延長非快速動眼睡眠，並改善睡眠被中斷後的恢復。更先進的方式是糞便微生物移植。在一項針對「後新冠症候群」患者失眠的研究中，接受移植後，有37.9%症狀改善，而對照組僅為10%，效果顯著。腸道菌群不只影響腸胃，也牽動荷爾蒙、情緒、代謝和睡眠，未來的助眠策略可能不只看大腦，也會從腸道著手。