用于估计繁殖数量的两个模型(基于联合指数增长和生灭天际线法)表明,估计的平均进化率为7.8×10-4次/地点/年(范围为1.1×10-4-15×10-4)和73天树根的平均tMRCA。预计R值为2.6(范围2.1-5.1),并在2019年12月从0.8增至2.4。估计该流行病的平均加倍时间在3.6至4.1天之间。
本研究中获得的SARS-CoV-2系统发育的时间重建与先前的估计相符,表明该流行病起源于2019年10月至2019年11月之间,即描述第一例病例(武汉能查证到的12月1日最早病例)数周之前。这通过合并分析和估计流行病起源的生灭方法得到了证实。
意大利学者认为新冠病毒在去年12月中旬就已经在意大利爆发,之前检出的38岁的意大利科多尼奥男子并非该国第一个病患,否则解释不了意大利在短时间内突然检查出来几百例被传染者。
另据报道,去年圣诞节期间意大利皮亚琴察市医院已经住满了40多例异常肺炎患者。
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Early phylogenetic estimate of the effective reproduction number of SARS‐CoV‐2
http://t.cn/A67W29JREarly phylogenetic estimate of the effective reproduction number of SARS‐CoV‐2 - Lai - - Journal of Medical Virology - Wiley Online Library