魚腥草含有魚腥草素，有抑菌、抗發炎效果，「可說是中藥裡的抗生素，」台北慈濟醫院中醫部主治醫師吳佩青說。另外，槲皮素可以擴張腎動脈，增加血液與尿液量，可用在利尿。

中醫在臨床上主要將魚腥草用於治療感染、發炎症狀，如呼吸道感染、結膜炎、急慢性鼻竇炎、反覆性口瘡潰瘍、腎炎、泌尿道感染、骨盆腔發炎、放射性腸炎和病毒性腸炎等。

長庚紀念醫院與長庚大學刊登於《藥學雜誌》的專文指出，魚腥草能抑制金黃色葡萄球菌、大腸桿菌；其注射液可以降低H1N1流感病毒感染小鼠的死亡率，抑制病毒在肺部內增殖作用。

季節變化，擔心感冒。中醫師建議，用魚腥草茶泡茶，有助抑菌、抗發炎，預防感冒效果佳。

魚腥草副作用少，但藥性偏寒、苦，脾胃比較弱的人，要視情況使用，建議資詢中醫師。

魚腥草的特殊氣味來自於揮發油成分魚腥草素，新鮮的魚腥草含量最多，乾燥後及加熱時則會減少。因此在料理活煮茶，不宜烹煮太久，避免成分喪失。

此外，不宜天天服用魚腥草，可能影響呼吸道跟腸胃。